روابط عمومی وزارت علوم در این خصوص، توضیحات زیر را برای تنویر افکار عمومی اعلام کرد:
۱- جناب آقای دکتر میرزایی رئیس محترم پیشین دانشگاه فردوسی از مدت‌ها پیش در جریان تغییر مدیریت آن دانشگاه قرار گرفته بودند و این تغییر در چهارچوب مقررات و ضوابط وزارت انجام شده است.
۲- قبل از انتشار و اعلام حکم انتصاب سرپرست جدید دانشگاه، از طرف حوزه وزارتی، چندین بار با تلفن همراه آقای دکتر میرزایی تماس گرفته شد که ایشان به تلفن‌های وزارتخانه پاسخ ندادند.
۳- پس از ناامیدی از پاسخ ایشان، مراتب به دفتر وی اعلام شده و اطلاع داده شد تا در اسرع وقت پاسخگوی تلفن وزارت باشند. اما متاسفانه باز هم امکان برقراری تماس با ایشان فراهم نشد.
۴- نهایتا پس از آنکه بر اساس یک رویه معمول اداری، حکم سرپرستی جناب آقای دکتر جوان جعفری از طریق سامانه اتوماسیون اداری ابلاغ شد، ایشان با رعایت احترام کامل و پس از هماهنگی با حوزه ریاست و دفتر رئیس دانشگاه برای انجام مسئولیت خود به دفتر ریاست مراجعه کرده‌اند.
ضمنا علی‌رغم اینکه هماهنگی لازم برای حضور رئیس پیشین دانشگاه در جلسه تکریم ایشان و معارفه سرپرست جدید، به عمل آمده و ایشان قول داده بودند در جلسه حضور پیدا کنند، اما نهایتاً در مراسم تودیع و معارفه شرکت نکردند.
۵- حضور شماری از اعضای هیات علمی پیشکسوت در دفتر رئیس دانشگاه کاملاً خودجوش بوده و وزارت علوم هیچ نقشی در آن نداشته است.
اخبار موثق که نمونه‌ای از آن در سایت دانشگاه فردوسی به آدرس B۲n.ir/h۰۹۱۳۲ درج شده، حاکی از آن است که جمع حاضر نیز هیچ رفتار خارج از عرفی از خود نشان نداده و ضمن استقبال از انتصاب آقای دکتر جوان جعفری، از زحمات و تلاش‌های جناب آقای دکتر میرزایی قدردانی کرده‌اند.